Appenzellinpaimenkoirien yleisin kuolinsyy on tilaston mukaan vanhuus ja kaikkien kuolinsyytilastoon ilmoitettujen koirien keskimääräinen elinikä on 8 vuotta 11 kuukautta.

Tätä keskimääräistä elinikää laskee huomattavasti mukana olevat tapaturmaisesti kuolleet ja käytöshäiriöiden vuoksi lopetetut nuoret koirat, joiden keskimääräinen elinikä on ollut alle 4 vuotta. Kun taas vanhuuteen ja sydänsairauksiin kuolleiden keskimääräinen elinikä on ollut yli 12 vuotta sekä syöpäsairauksiinkin kuolleiden keskimääräinen elinikä on ollut yli 11 vuotta. Vanhuuden jälkeen toiseksi yleisin kuolinsyy on tilaston mukaan luusto- ja nivelsairaudet, joissa keskimääräinen elinikä on enää 8 vuotta 6 kuukautta.