Appenzellinpaimenkoiran luonne on rotumääritelmän mukaan:  Eloisa, temperamenttinen, itsevarma ja peloton. Hieman epäluuloinen vieraita kohtaan, lahjomaton vahti, iloinen ja oppivainen.

Appenzellinpaimenkoira on omistajaan kiintyvä, miellyttämishaluinen, vahtiva mutta ei turhan haukkuja. Se rauhoittuu nopeasti, kun ei ole mitään tekemistä. Mutta kun työ kutsuu, se on heti valmis ja tekee työnsä uupumatta. 

Appenzellinpaimenkoiralla ei ole taipumusta karkailuun ja se oppii hyvin pysymään myös omalla pihalla. Se on uskollinen omille ihmisilleen ja kiintyy syvästi omaan laumaansa. Tarhaan tai juoksulankaan appenzellinpaimenkoiraa ei pidä eristää. Lenkillä se pitää huolen, että omistaja pysyy koko näköetäisyydellä.

Moni suomalainen appenzellinpaimenkoira on nykyään luonteeltaan avoin ja ystävällinen vieraitakin ihmisiä kohtaan. Mutta alkuperäiselle luonteelle tyypillinen pidättyväisyys vieraita kohtaan, on monella rodun edustajalla kuitenkin vielä selvästi tallella. Vieraita kohtaan rotu voi siis olla aluksi epäluuloinen. Appenzelli on luontainen vahti ja vahtikoirana äänekäs. Tyypillinen appenzelli reagoi kotiinsa ja alueelleen saapuvaan vieraaseen henkilöön epäluuloisesti ja äänekkäästi haukkuen. Se ilmoittaa isäntäväelleen vieraasta ja ikään kuin tarkastaa vieraan aikeet.

Toiset appenzellit hyväksyvät vieraat helpommin ja nopeammin, toiset eivät aina lainkaan. Appenzelli tekee itse aloitteen tutustuakseen vieraaseen eikä yleensä pidä liian nopeasti tai väkisin tutustumista yrittävistä ihmisistä. Ensikontakti ei saa olla appenzellille alistava esim. koskettaminen suoraan päälaelle. Täytyy aina muistaa, että appenzelli, joka on alkujaan toiminut myös pihavahtikoirana, käyttäytyy kotonaan ja reviirillään eri tavoin kuin ns. neutraalilla maaperällä.