Appenzellinpaimenkoirilla on jonkin verran lonkkavikaa, patellaluksaatiota ja polven nivelsiteissä heikkoutta. Kyynärpäissä ja olkapäissä on myös ollut muutamilla koirilla epäpuhtauksia. Liian kapeasta ja/tai lyhyestä alaleuasta johtuvia purentavikoja esiintyy jonkin verran. Allergioita on harvassa, eikä syöpäsairauksia ole esiintynyt paljoa. Appenzellit elävät n. 10–13 vuotta.